Το Γραφείο Φυσικής Αγωγής του Π.Ι. ασχολείται με θέματα που αφορούν στη διδασκαλία της Φ.Α. στην Πρωτοβάθμια και Δευτεροβάθμια εκπαίδευση. Αρμοδιότητες του είναι η ανανέωση των Αναλυτικών και Ωρολογίων Προγραμμάτων, καθώς και η ενασχόληση με θέματα όπως η συγγραφή διδακτικών βιβλίων, η επιμόρφωση των εκπαιδευτικών, η αξιολόγηση, η έρευνα κτλ.