Ένα από τα προγράμματα του έργου ΣΕΠΠΕ αφορούσε την αναδιοργάνωση του σχολικού χώρου και το λειτουργικό εκσυγχρονισμό της σχολικής μονάδας. Αντικείμενο της συγκεκριμένης δράσης ήταν ο πειραματισμός στους τρόπους αναδιάταξης του σχολικού χώρου με έμφαση στη δημιουργία ειδικά διαμορφωμένων αιθουσών - εργαστηρίων για τα μαθήματα ή τις γνωστικές περιοχές του αναλυτικού προγράμματος. Κεντρικό άξονα του πειραματισμού απετέλεσε η διαδικασία της μετατροπής των αιθουσών διδασκαλίας από " αίθουσες μαθητικών τμημάτων " σε " αίθουσες μαθημάτων " Καταργήθηκε, δηλαδή, η παραδοσιακή έννοια της σχολικής αίθουσας ως αίθουσας συγκεκριμένου τμήματος μαθητών και στη θέση τους δημιουργούνται ειδικά εξοπλισμένες αίθουσες γνωστικών αντικειμένων ή γνωστικών περιοχών ( π.χ. αίθουσα Φιλολογικών μαθημάτων, αίθουσα Μαθηματικών , αίθουσα Φυσικών επιστημών, εργαστήριο Καλλιτεχνικών μαθημάτων, κ.α) στις οποίες θα γίνεται η διδασκαλία των γνωστικών αντικειμένων. Επιπλέον, ο πειραματισμός αποσκοπούσε στην ανάπτυξη καινοτόμων μεθόδων και τεχνικών διδασκαλίας στα πλαίσια των ειδικών επιστημονικών απαιτήσεων κάθε γνωστικού αντικειμένου και υποστηρίχθηκε από τη χρήση των νέων τεχνολογιών (Η/Υ, Πολυμέσων), τη χρήση πολλαπλών διδακτικών πηγών (βιβλίων, αρχείων, υλικών ) και τη χρήση εποπτικών μέσων διδασκαλίας.

Το πρόγραμμα εφαρμόσθηκε σε 86 Γυμνάσια και σε 69 Λύκεια από όλες τις Νομαρχιακές Διευθύνσεις της χώρας με τη συμμετοχή 5500 Εκπαιδευτικών και 60000 μαθητών